由于引发赤潮的藻类一般是“夜光”藻，它们呈现橙红色，所以我们看到的赤潮一般是红色的，赤潮也由此得名。但赤潮的颜色并不都是红色的，它们也有多种其他颜色。 赤潮的颜色由赤潮生物的种类决定。由夜光虫引起的赤潮呈粉红色或深红色；由某些硅藻类引起的赤潮呈黄色或红褐色；由双鞭毛藻引起的赤潮呈绿色或深红色；而由漆沟藻引起的赤潮则不会使海水出现明显的颜色变化。