长颈鹿在分类上并不属鹿类，而是和鹿分别属于两个不同的科。但它们同属于偶蹄目，有共同的祖先。长颈鹿是在中新世时期与鹿类“分家”的，从那个时候起长颈鹿就与鹿类渐行渐远，最后演化成两个有显著区别的不同类群。

长颈鹿的祖先是生活在中新世和上新世时一类叫古麟的原始长颈鹿。古麟与现生生活在刚果原始森林中濒临灭绝的霍加狓十分相似。古麟中最繁盛的一支是晚中新世的萨摩麟，曾经广泛分布在欧洲和亚洲。萨摩麟是一种长两对角的古老长颈鹿，因化石首先在希腊的萨摩斯岛上发现而得名。萨摩麟的头很长，四肢更加细长，当然，最典型的还是它的长脖子。萨摩麟以及其他的长颈鹿与大多数哺乳动物一样，也只有7个颈椎，但每一个颈椎都拉长了。与今天的长颈鹿相比，萨摩麟的脖子还不算太长，只与霍加狓相似。萨摩麟不太长的脖子正是长颈鹿演化中间阶段的一个特征。

霍加狓

进化论的先驱、法国早期的博物学家拉马克曾提出，短脖子的长颈鹿为取食高处的树叶而努力伸长脖子，这样就逐渐演化成了现生的长颈鹿。当然，现在已经知道这只是一种朴素的演化思想。实际上，长颈鹿的脖子不是因为主动地努力伸长而变长的，而是因为自然选择淘汰了那些短脖子的个体，积累了有利的长脖子基因才实现的。

在上新世晚期和更新世时期生活在南亚次大陆的西瓦麟则是向笨重方向演化的另一类长颈鹿的代表，它的四肢比例正常，体形与牛类相似。西瓦麟最显著的特征是头骨上的角大而复杂，在两个巨大的张开的骨质角之前还生两个较小的圆锥形角。活着的时候，西瓦麟的骨质突起上可能还有硬角覆盖。几千年前两河流域的苏美尔人制作的青铜小雕像中还保留西瓦麟的形象，说明那个时候这种动物还没有灭绝。

西瓦麟